Thermiquement les performances sont similaires (R de l'ordre de 1) . Le coefficient solaire dépend du type choisi (opaque ou non). Le polycarbonate est beaucoup plus léger et résiste mieux aux impacts, par contre il vieillit (même traité contre les uvs ils finiront par faire leur effet de jaunissement) contrairement au verre.
Je dis cela en ayant opté pour un toit polycarbonate 32mm pour ma véranda de balcon

Je sais que je devrais peut-être penser à changer les plaques dans dix ans, par contre je m'inquiète beaucoup moins pour le poids supporté par le balcon et les risques de fissures.
Que le toit soit en verre ou en polycarbonate, il faut s'attendre à une baisse significative de la température dès que le soleil disparait le soir : les performances thermiques n'ont rien à voir avec un toit en panneaux plus épais.